1997-ci ilin sentyabr ayında Prezident Heydər Əliyevin Vatikana, 2002-ci ilin 22-23 may tarixlərində isə Azərbaycan Prezidentinin dəvəti ilə Katolik Kilsəsinin rəhbəri II İohan Pavelin ölkəmizə səfəri ikitərəfli əlaqələrin möhkəm bünövrəsini qoymuşdur. Bu səfərlərin ardınca Bakıda Müqəddəs Məryəm Katolik Kilsəsinin tikilməsi, 2008-ci ildə onun rəsmi açılışında Müqəddəs Taxt-Tacın Dövlət katibi kardinal Tarçisio Bertonenin iştirakı və bu layihənin Azərbaycan rəhbərliyi tərəfindən dəstəklənməsi Taxt-Tacla əlaqələrin inkişaf etdirilməsinə vacib təkan vermişdir.
2005-ci ildə AR-in Cenevrədə BMT və digər beynəlxalq təşkilatlar yanında daimi nümayəndəsinin eyni zamanda Müqəddəs Taxt-Tac yanında da akkreditasiya edilməsi ilə təmaslar mütəmadi xarakter almışdır.
2005-ci ilin fevral ayında AR Prezidenti cənab İlham Əliyevin Müqəddəs Taxt-Taca səfəri və bir neçə il sonra (Bakı, 29 aprel 2011-ci il), "Azərbaycan Respublikası və Müqəddəs Taxt-Tac arasında katolik kilsəsinin Azərbaycan Respublikasında hüquqi statusu haqqında Saziş"in imzalanması bu əlaqələrin inkişafına təkan vermişdir.
Dövlətlərarası ikitərəfli münasibətlərin dərinləşdirilməsində AR-in Birinci Vitse-prezidenti, Heydər Əliyev Fondunun prezidenti xanım Mehriban Əliyevanın himayəsi altında həyata keçirilən layihələr müstəsna rol oynamışdır.
AR Prezidenti İlham Əliyevin 6 mart 2015-ci ildə və 22 fevral 2020-ci ildə Vatikana rəsmi səfərləri əlaqələrin inkişafı baxımından əlamətdar olmuşdur. Həmin səfərlər zamanı Azərbaycan Prezidenti Katolik Kilsəsinin rəhbəri Papa Fransisk və Dövlət katibi Kardinal Pietro Parolin ilə görüşlər keçirmişdir.
Ölkəmizdə keçirilən COP29, VI Ümumdünya Mədəniyyətlərarası Forumu, Dini Liderlərin Qlobal Sammiti kimi beynəlxalq tədbirlərdə Vatikanın yüksək səviyyəli rəsmiləri təmsil olunmuşlar.
Hazırda, Bakı şəhərində ikinci katolik kilsəsinin tikilməsi ölkələrimiz arasında əlaqələrin bariz nümənisidir.